Tanggal 17 Agustus 1992, dihadapan Notaris Harun Kamil, SH telah resmi berdiri Yayasan Al-Muttaqin Badan Musyawarah Peningkatan Kesejahteraan Ummat Wilayah III Cirebon, dengan para pendiri :

1. Pangeran Maulana Pakuningrat, SH
2. H. Salim Bajri
3. Muhammad Alie Abu Bakar
4. H. Sanusi Djaenudin
5. H. Sudarto
6. Apih Priatna
7. Goenardi
8. Rachman Malik
9. Roesman

Ketua Yayasan secara berturut-turut sebagai berikut :

1. Pangeran Maulana Pakuingrat, SH (Tahun 1992-1997)
2. Dr. H. Salim Bajri (Tahun 1997-2004)
3. Sudarto, ST (Tahun 2005-2010)
4. Ali Hasan (Tahun 2011-2012), pada Tahun ini nama yayasan berubah menjadi Yayasan Pondok Pesantren Al-Muttaqin Cirebon.
5. Ust Abdul Muid (Tahun 2012-2019)
6. Dede Suhendi (Tahun 2019 s.d sekarang)

Yayasan Al-Muttaqin memulai amal usahanya dengan pendirian Panti Asuhan untuk membina anak-anak yatim dan keluarga yang kurang mampu. Kemudian dalam tahun  1994 berdirilah dengan unit pendidikan Kuliyatul Mu’alimat (KMA) dan Kuliyatul Mu’allimin (KMI). Atas permintaan walisantri, mulai tahun 2004, Pondok Pesantren Al-Muttaqin Cirebon membuka Unit Pendidikan Sekolah Menengah Pertama (SMP) Terpadu. Namun karena keterbatasan lokal yang tersedia, akhirnya hanya unit SMP Terpadu yang menjadi konsentrasi.

Insya Allah tahun 2020, moment menata kembali untuk membangkitkan semangat para pendiri yayasan, dengan langkah :

1. Membuat siteplan komplek pendidikan pondok pesantren Al-Muttaqin, tahun 2019
2. Penguatan kualitas SMP Terpadu Al-Muttaqin, tahun 2020
3. Pendirian Mua’llimin Tahfidzul Qur’an, tahun 2020
4. Memulai Pembangunan Pengembangan Pondok Pesantren, tahun 2021

Pondok Pesantren Islam Al-Muttaqin berdiri diatas  tanah wakaf dari

1. Ibu Yetti/ Bapak Sanusi Jaenudin dengan luas 3400 m2, dengan SHM M.299 tahun 1998
2. Yth Ibu Yetti/Bapak Sanusi Jaenudin, dengan luas 1.025 m2, dengan SHM, M.305 tahun 1998
3. Bapak Yusuf Sumardjo, dengan luas 890 m2, dengan SHM 202 tahun 1994.
4. Donatur Al-Muttaqin lainnya yang diatas namakan Ustadz Salim Bajri dan Sultan Arif, seluas 4700 m2

Secara geografis, lokasi tanah no. 1, 2 dan 3 berada di wilayah Desa Kondangsari Kecamatan Beber Kabupaten Cirebon. Sedangkan no.4 berada di Desa Patapan Kecamatan Beber Kabupaten Cirebon.

Sebuah proses berpahala dalam kebaikan terus dirajut setiap hari di sebuah pesantren sederhana Pondok Pesantren Al-Muttaqin. Aktivitas harian santri yang diawali dengan Sholat lail, sholat berjamaah, pembelajaran tahfizul qur’an, kegiatan belajar sekolah, ekstrakurikuler secara terus-menerus memompa semangat untuk izul Islam wal muslimin.

Alhamdulillah Al-Muttaqin telah mengantarkan  banyak penghafal qur’an, ustadz,pendakwah, dosen, dokter, dan profesi lainnya yang berbekal Al-Qur’an sebagai nafas geraknya.

Pondok Pesantren Al-Muttaqin Cirebon berupaya menata diri untuk cita-cita yang besar mendidik lebih banyak lagi calon kader bangsa yang berkualitas “ Generasi ‘Alim Muttaqi Penghafal Qur’an”, bagi Agama, masyarakat dan bangsa. Mudah-mudahan Allah Ta’ala memberikan kekuatan dan kemudahan dalam merealisasikan harapan ummat tersebut.